Der siebzehnjährige Werner Scholz rückt von der Schulbank weg als Freiwilliger in den Krieg ein. Dieser Entschluss prägt seine gesamte Person nachhaltig. 1917 verliert Scholz durch eine Granate den linken Unterarm. Der Krieg und das soziale Elend der Großstadt, das Scholz nach dem Krieg miterlebt, als er in Berlin an der Hochschule der Bildenden Künste eingeschrieben ist, schlagen sich in seinen frühen Arbeiten vorwiegend in Schwarz-Weiß-Darstellungen nieder. Diese finden in Künstlerkreisen und bei den Kritikern bald schon erste Anerkennung.
Werner Scholz' Interesse gilt den "Brücke"-Malern und Emil Nolde, der seinerseits auch von Scholz' Arbeiten beeindruckt ist. 1920 verlässt Scholz die Akademie und bezieht ein eigenes Atelier.
Sozial engagierte Ölbilder aus dem Berliner Großstadtmilieu entstehen gegen Ende der 1920er Jahre. Danach widmet sich Werner Scholz einer Reihe von Triptychen. Der Großteil von ihnen ist verschollen. Die Nationalgalerie Berlin und das Wallraf-Richartz-Museum in Köln erwerben 1930 Bilder des Künstlers. Öffentliche Ausstellungen werden ab 1933 durch die Nationalsozialisten erschwert oder verhindert. Werner Scholz arbeitet aber weiter abwechselnd in Berlin und in Alpbach/Tirol.
Der Künstler erhält 1937 Ausstellungsverbot. Von den Nationalsozialisten werden zwei seiner Bilder in der Ausstellung "Entartete Kunst" gezeigt. Das Berliner Atelier wird durch Bomben zerstört und Scholz siedelt endgültig nach Alpbach über.
Die Apokalypse, das Alte Testament und die Griechische Mythologie beschäftigen den Maler nach Kriegsende. Es entstehen dazu mehrere Pastell-Zyklen. In vielen Städten Deutschlands zeigen nach 1946 erste Ausstellungen das Werk des Künstlers. Werner Scholz verfolgt den Weg, den er in den 1920er Jahren beschritten hat, konstant weiter: Die malerische Sprache des Künstlers, die im deutschen Expressionismus wurzelt, findet in einem dunklen Kolorit einen ernsten und oft melancholischen Unterton.
Im Auftrag von Krupp malt Werner Scholz 1954-55 das "Stahl-Triptychon". Ihm folgen noch eine große Anzahl von Bildern aus der Industriewelt des Ruhrgebiets. Von 1957 bis 1966 entstehen großformatige Landschaftsbilder als Ergebnis häufiger Reisen nach Südtirol und Norditalien. Menschen, Akte und Landschaften, die letzten Bilder Scholz', entstehen 1978 im Atelierraum eines ehemaligen Klosters in Rott, nahe Wasserburg am Inn.
Werner Scholz stirbt am 5. September 1982 in Schwaz in Tirol.